Von den einst natürlichen Bergmischwäldern mit Fichten, Lärchen, Buchen und hohem Tannenanteil sind durch jahrhundertelange Salinenwirtschaft und überhöhte Wildbestände heute nur noch Reste erhalten, zum Beispiel im Königsseetal. Auf größerer Fläche wuchsen im Nationalpark zu Gründungszeiten aufgrund historischer Nutzungen fichtendominierte Bestände. Eine wichtige Aufgabe des Nationalparks in der Pflegezone ist der Umbau der Fichten-Reinbestände ein natürliche Bergmischwälder. In vielen Bereichen der Reviere Königssee, Hintersee und Au-Schapbach ist dies bereits gelungen!
Eine Besonderheit sind die Eiben an den steilen Seewänden des Königssees als Reste eines Eiben-Buchenwaldes. Entsprechend des vielfältigen Reliefs sind daneben unterschiedliche azonale Gesellschaften verbreitet: Block- und Hangschuttwälder, Schluchtwälder, kleinstflächig auch Au- und Sumpfwälder. Eine weitere Besonderheit sind die ausgedehnten Bestände von Bergkiefern auf dem Dolomitschotter des Wimbachgries, die zum Teil auffällig baumförmigen Wuchs zeigen. Im Klausbachtal ist zudem größere Bestände von Wacholder und Waldkiefer zu finden.
Almweiden der submontanen bis hochmontanen Stufe nehmen eine Fläche von insgesamt etwa 880 ha ein. Dominierend sind Alpenmagerweiden und Borstgrasrasen, gefolgt von artenreichem Extensivgrünland. Basenreiche Trocken- und Halbtrockenrasen treten kleinflächig hinzu. Borstgrasrasen sind vor allem für die Gebiete östlich des Königssees charakteristisch: Hier haben sich über mergelig verwitterndem Liaskalken saure Böden entwickelt. Diese durch die Jahrtausende alte Viehwirtschaft entstandenen Weiden sind vielfach mit Hochstaudenfluren verschnitten und gehen mit dem Höhengradienten in alpine Rasen über. Die Rasen der Hochlagen sind auf dem kalkigen Ausgangsgestein zumeist vom Typ der Blaugrasrasen.
Wo immer Geländemulden durch toniges oder schluffiges Feinsediment nach unten abgedichtet wurden, haben sich kleinflächig vielfältige Moortypen ausgebildet: von Niedermooren über Übergangsmoore bis hin zu Hochmooren. Vegetationskundlich und floristisch bergen gerade sie besondere Raritäten. Eine Besonderheit stellt der Saletstock dar: eine Halbinsel, die in den Königssee ragt. Nur eine schmale, mit Schnabelsegge bewachsene Wasserrinne trennt sie vom „Festland“. Im inneren der Halbinsel hat sich eine hochmoorartige Vegetation mit Torfmoosen entwickelt.
Stand aus den -1980 bzw. 1990-iger Jahren