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Die Forschung hat das Ziel, definierter Fragestellungen auf Basis bestimmter Hypothesen zu untersuchen. Im Nationalpark wird sowohl Grundlagenforschung (also Forschung zum generellen Erkenntnisgewinn) als auch angewandte Forschung (d.h. Forschungsfragen mit klarem Praxis- und Handlungsbezug) durchgeführt. Ziel des Monitorings im Nationalpark ist es hingegen, natürliche Prozesse möglichst umfassend und langfristig zu beobachten. Das Monitoring bildet somit eine wichtige Informationsquelle für die Forschung, dient aber auch als Datengrundlage für evidenzbasiertes Ökosystemmanagement. Die stabilen administrativen Rahmenbedingungen, welche der Nationalpark bietet, stellen dabei eine einmalige Chance für langfristige wissenschaftliche Beobachtungen dar. Forschung und Monitoring finden in allen Hauptlebensräumen des Nationalparks (Wasser, Wald, Offenland, Fels) sowie übergeordnet auf Landschaftsebene statt. Des Weiteren werden – wo für die Forschungsfrage relevant – auch das Nationalparkvorfeld, die Biosphärenregion Berchtesgadener Land bzw. der gesamte Alpenraum in die Forschung miteinbezogen. Die Nationalparkforschung stützt sich auf unterschiedliche Methoden, welche von Beobachtungen und Experimenten im Feld zur Analyse von Fernerkundungsdaten bis hin zur Anwendung von Computersimulationen reichen.
Zentrale Themen der Nationalparkforschung sind die Untersuchung der natürlichen Ökosystemdynamik sowie der für den Nationalpark charakteristische vertikale Gradient. In der Kernzone des Nationalparks kann die natürliche Entwicklung von Ökosystemen weitgehend ungestört vom Menschen beobachtet und erforscht werden. Der Höhenunterschied von mehr als 2,000 m im Gebiet des Nationalparks bedingt eine hohe Variabilität an klimatischen Bedingungen. Diese trägt nicht nur zur hohen Biodiversität des Gebiets bei sondern bietet auch eine einzigartige Chance zur Untersuchung von Klimaeffekten. Aufgrund der Vielzahl an durch Forschung und Monitoring kreierten Daten nimmt das Datenmanagement im Nationalpark eine Schlüsselrolle ein. Neben der Integration verschiedener Quellen sorgt das Datenmanagement auch für deren nachhaltige Verfügbarkeit.