Der Nationalpark Berchtesgaden liegt im südöstlichsten Teil Deutschlands direkt an der Grenze zu Österreich im Landkreis Berchtesgadener Land. In nächster Umgebung liegen die fünf Gemeinden Berchtesgaden, Bischofswiesen, Marktschellenberg, Ramsau und Schönau am Königssee.
Sie können den Nationalpark Berchtesgaden zu Fuß, mit dem Fahrrad, mit öffentlichen Verkehrsmitteln oder per PKW erreichen. Die Hauptzugänge zum Nationalpark sind an den öffentlichen Personennahverkehr angebunden.