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Die Beobachtung und Erforschung der Ökosysteme, ihrer Dynamik und speziell ihrer Artenvielfalt nimmt eine zentrale Rolle in der Nationalparkforschung ein. Forschung und Monitoring zu Biodiversität und Ökosystemdynamik erfolgen in enger Kooperation mit langfristigen Kooperationspartnern.
Der Nationalpark Berchtesgaden arbeitet seit Jahren eng mit verschiedenen Forschungseinrichtungen und Wissenschaftlern im Bereich der Ökosystem- und Biodiversitätsforschung zusammen. Hervorzuheben sind hier die intensive Zusammenarbeit mit dem Nationalpark Bayerischer Wald zu verschiedenen Forschungsfragen und im gemeinsamen Biodiversitätsmonioring. Darüber hinaus beteiligt sich der Nationalpark an verschiedenen Biodiversitätsmonitoringsprogrammen wie dem weltweiten Monitoring von Gipfelvegetation (GLORIA ), dem LIFEPLAN-Programm oder dem Insektenmonitoring von LTER Deutschland, und ist mit einer Waldinventurfläche in subalpinen Lärchen-Zirbenwäldern beteiligt. Für den Fachbereich Mykologie besteht eine Kooperation mit Prof. Claus Bässler an der Goethe Universität Frankfurt.